本院成立於民國47年7月1日，48年3月開始門、急診作業，同年11月1日正式開幕。土地面積30.356936公頃，總樓地板面積545203.83平方公尺，主要建築有中正樓、思源樓、長青樓、門診大樓、致德樓、神經再生中心、身障中心、動力中心等。最初設置病床600張，醫療服務對象僅限於在台退除役官兵，後逐年開放及於榮眷、公、勞、農、漁保及一般民眾。逐次興建一、二、三門診大樓，門診人數由最初每日200餘人次，增至目前每日約八千餘人次；因應門診量的增加，陸續擴增床位，目前擁有3030張(105年9月)。

本院現有員工6213名(醫師1156名、護理人員2980名，醫事人員865名、技術人員294名、行政人員574名、技工工友344名)，組成堅強的醫療團隊，配備先進的醫療設備，精確的為病患診治各種疾病。(105年12月)

為了落實政府照顧榮民之宗旨，於台灣中南部地區先後籌建台中、高雄兩分院；台中分院於71年10月31日開幕，77年7月獨立為台中榮民總醫院；高雄分院於79年10月31日開幕，於82年7月1日獨立為高雄榮民總醫院。支援輔導會所屬12所榮民醫院的醫療作業。87年7月在臺北市臥龍街設立「大我新舍門診部」輪派醫師駐診，提供該地區四千餘高齡單身榮民便利優質的醫療服務。89年及90年，先後承辦臺北市立關渡醫院，及署立宜蘭醫院開公立醫院委託經營之先河，使當地居民也可以獲得與國家醫學中心同等級的醫療服務。91年6月與財團法人中心診所醫院醫療技術合作，嘉惠臺北市東區居民。

在歷任院長及同仁辛勤耕耘之下，本院目前忝列國家級醫學中心，肩負病患醫療服務、醫事人才培訓及醫學研究發展三大任務，配合國家醫療政策，善盡政府照顧人民健康之責任。

本院於60年籌建國立陽明醫學院，完成後撥交教育部，現已改制為大學，培植無數專業醫事人員。並接受全國各公、私立醫學醫事院校學生來院實、見習及進修，舉辦各類講習班，受訓學員遍及國內、外。86年元月建置國內最早之榮陽數位化醫學圖書館，提供榮總、陽明同仁豐富、新穎之醫學電子書、電子期刊等數位化醫學資源。

民國52年，美國實業家柯柏先生捐贈本院的「柯柏醫學科學研究館」啟用，是為國內最早成立醫學研究部門的醫院；在基礎與臨床並重的前題下，培育醫學研究人才，研發出多項領先國內的研究成果。為能將研究成果產業化，利及民生，本院積極推動產學合作，已見成果。興建之醫學科技大樓，是結合基礎、臨床、資訊科技與實驗動物中心等尖端設施並符合安全環保標準之科技、人文並重的智慧型多功能研究空間，完成後將是國內第一棟符合藥品優良臨床試驗規範(GCP)的臨床研究病房，符合優良實驗操作規範(GLP)及合於生物安全等級2-3級的研究設施(BL2-BL3)，及符合國際標準之動物照顧等設施的醫學研究大樓。可以預期，本院未來在醫院科學研究上，將能更上層樓。

為縮短診療時空差距、提昇偏遠地區醫療服務品質、加強醫療教學與群體醫療服務，本院自85年起，運用遠距電訊傳訊數位網路系統，提供國軍金門醫院、金門縣立醫院及宜蘭縣醫療院所遠距會診、遠距教學、遠距會議及遠距病例研討等遠距醫療支援，建立醫療資源共享，一年平均4百餘件，使當地居民健康得到保障。

近年來本院致力於神經修復及再生、人腦科學及認知功能研究、功能性腦神經造影、腦神經資訊、幹細胞研究、基因工程、生殖科技、臍帶血移植、生物影像整合、心電生理、電子病歷等先端醫療科技之研發，俱有重大的成果。

本院各科均訂有臨床處置作業規範、標準作業流程、稽核制度及各種品管會，以確保醫療品質。為了提昇服務效能，本院開發自動語音辨識預約掛號系統、全國藥品資料查詢辨識系統、雙語葯袋、病患醫療資訊系統、更新手術同意書；開辦夜間門診、啟用開放式單一窗口多功能櫃台、設立安寧病房、定期舉辦社區衛教服務；成立各種品質管制委員會，負責監督醫療品質；推動建立臨床路徑，保障醫療品質及病患權益；舉辦策略發展共識研究會、醫療品質及醫院管理訓練課程、成立品質改善行動小組，定期舉辦病患問卷調查等措施；設立財團法人惠眾醫療基金會幫助艱苦病患，組織龐大志工團隊散佈全院各區為病患服務。

50多年來，本院孜孜不懈，秉持「以客為尊」以顧客為導向的服務理念，致力於醫療技術創新、服務品質提昇，提供患者身、心、靈全方位的醫療照護、便利的就醫環境及人性化的服務。未來本院仍秉持「視病猶親、追求卓越」的服務理念，遂行醫療服務、教學訓練、醫學研究三大任務的發展與成長，以「品質」、「效能」為核心競爭力，謀求人類的健康與福址。